Das Ägyptische Museum in Bonn besteht seit März 2001. Der Grundstock für die Sammlung geht in das 19. Jahrhundert zurück und gehörte damals noch zur Antikensammlung der Klassischen Archäologie. Erst nach der Gründung des Ägyptologischen Seminars an der Universität Bonn wurden die ägyptischen Objekte in dessen Zuständigkeit überführt.
Während der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurde der Bestand durch zahlreiche Stücke aus verschiedenen Grabungen in Ägypten erweitert.