Die Sammlung der Universität Bonn geht bereits in das frühe 19. Jahrhundert zurück. Während einer Orientreise erwarb der Theologe J.M. Augustin Scholz 1820 mehrere altägyptische Objekte. Diese "ersten geschnittenen Steine und Pasten" wurden teilweise der Antikensammlung der Universität und dem Ägyptischen Museum in Berlin übergeben.
Erst nach der Gründung eines Ägyptologischen Seminars in Bonn unter Leitung von Alfred Wiedemann wurden im Jahre 1928 die ägyptischen Objekte in dessen Zuständigkeit überführt.

Während der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurden die Bestände durch zahlreiche Stücke aus den Grabungen der Deutschen Orientgesellschaft und durch Schenkungen von führenden Archäologen wie W.M. Flinders Petrie maßgeblich bereichert. Jedoch brachte der 2. Weltkrieg einen harten Einschnitt, da ein Großteil der Sammlung im Oktober 1944 durch einen Bombentreffer zerstört wurde. Einzigartige Relieffragmente aus den Pyramiden- und Tempelbezirken von Abusir und Abu Gurob wie auch Särge und andere Stücke sind seither unwiederbringlich verloren.

Nach 1955 konnten die Bestände durch die langjährige Ausgrabungstätigkeit von Elmar Edel, dem ehemaligen Leiter des Ägyptologischen Seminars, in Assuan aufgrund der damals noch möglichen Fundteilung wieder aufgestockt werden. Zahlreiche Schenkungen und Leihgaben kamen seitdem hinzu.
Nach langen Jahrzehnten ohne eigene Ausstellungsfläche konnte durch das große Engagement der Professorin und Seminarleiterin Ursula Rößler-Köhler im Jahre 2001 das Ägyptische Museum endlich seine Pforten über dem Koblenzer Tor öffnen. Im ehemaligen Fechtsaal der Universität Bonn ist das Museum mit seinen rund 4000 Objekten, davon ca. 700 ausgestellten, einer breiten Öffentlichkeit zugänglich.